描述
CLC Genomics Workbench 是基因学、建模、表观基因组学和宏基因组学领域强大的软件解决方案和完整工具集，可帮助科学家和专业人士使用超先进的技术、独特的功能和广泛使用的算法很好地应对与遗传信息分析相关的挑战。该软件具有用户友好的生物信息学界面，可让您全面分析 NGS 数据。您还可以借助此软件找到共生微生物之间的关系，并轻松检查复杂的宏基因组数据。
CLC Genomics Workbench 软件完全支持 Illumina、IonTorrent、PacBio 和 GeneReader 等 NGS 平台，并提供用于基因表面各种分析的细胞 RNA 工作流程。该软件还允许您在人类疾病研究中取得重要发现，并以最佳方式进行分析。
CLC Genomics Workbench 软件的特点和特点：
- 遗传数据分析
- 利用高科技和算法
- NGS 数据分析
- 专业且有吸引力的用户界面
- 在生命科学领域进行研究和数据分析
系统要求
第 23 节：
本页列出了所有 CLC 软件产品、插件和特殊用例的要求。生物医学基因组学分析插件、CLC 单细胞分析模块、CLC 微生物基因组学模块的要求各不相同，下面单独列出，3D Molecule Viewer、读取映射和从头组装的特殊用例要求也各不相同。请注意，使用生物医学基因组学分析分析QIAseq panel生成的数据需要16 GB RAM，建议使用24 GB。
QIAGEN CLC Genomics 工作台
*不使用插件功能的标准要求
- Windows 10、Windows 11、Windows Server 2012、Windows Server 2016、Windows Server 2019 和 Windows Server 2022
- Mac：macOS 11、12 和 13
- Linux：RHEL 7 及更高版本、SUSE Linux Enterprise Server 12 及更高版本。该软件有望在其他最新的 Linux 系统上运行而不会出现问题，但我们不保证这一点。要使用 BLAST 相关功能，需要 libnsl.so.1。
- 64 位作系统
- 建议 16 GB RAM（需要 8 GB RAM）
- 需要 1024 x 768 显示器
- 建议使用 1600 x 1200 显示器
用于映射读取的内存和 CPU 设置
要映射到人类基因组（3.2 GB 碱基）或类似大小的基因组，需要 16 GB RAM。在映射到小基因组时，可以使用较小的系统。
在处理大型数据集时，较大的内存量有助于提高分析的整体速度，但超过 32 GB 的 RAM 预计不会增加多少。
增加 CPU 的数量可以减少读取映射所需的时间，但是，预计性能提升将限制在大约 40 个线程以上。
3D 查看器的系统要求
支持 OpenGL 2.0 的显卡。
注意：仅当 CLC Genomics Workbench 安装在打开查看器的同一台计算机上时，才支持 3D 渲染。不支持间接渲染（例如通过 ssh 转发 X11）、远程桌面连接/VNC 和在虚拟机中运行。
插件和模块
生物医学基因组学分析插件
Biomedical Genomics Analysis 的系统要求与 CLC Genomics Workbench 的系统要求相同，但以下几点除外：
- 需要 16 GB RAM
- 推荐 24 GB RAM
- tmp 目录中至少有 100 GB 的可用磁盘空间
- 如果您未连接到 CLC 服务器并使用该服务器上的 CLC_References 区域，则 CLC Workbench 的 CLC_References 目录中至少需要 90 GB 的可用磁盘空间。CLC Workbench 上的参考数据位置可以从默认位置更改，如 Reference Data Manager 中所述。
QIAseq 分析的特殊要求
以下使用案例具有特定的系统要求
- 对多个样品进行 UPX 3' 或 UPXome 分析有时需要超过 24 GB 的 RAM。
- 对于完整的外显子组、多模式泛癌或 TMB 分析，我们建议在服务器上运行（参见下面的要求）。内核数量会显著影响运行时。
CLC LightSpeed 模块
CLC LightSpeed 模块的系统要求与 CLC Genomics Workbench 的系统要求相同，但以下情况除外：
- 所有 LightSpeed 分析都需要 32 GB RAM。
- 需要支持 AVX2 或 NEON 指令集的 CPU。
CLC 单细胞分析模块
CLC Single Cell Analysis Module 的系统要求与 CLC Genomics Workbench 的系统要求相同，但以下情况除外：
- 推荐 16 GB RAM
大多数工具都可以在笔记本电脑等适度的硬件上运行，尤其是当像元数量低于 50,000 个时。
映射读取的特殊要求
对于将读数映射到参考文献，我们建议使用 CLC Genomics Server（参见下面的要求）。尽管可以使用具有 16 GB RAM 的笔记本电脑，但当单元格超过 1000 个时，大量的读取可能会导致长时间的运行时间。
Long Read Support （beta） 插件
Long Read Support （beta） 插件的系统要求与 CLC Genomics Workbench 的系统要求相同，但以下情况除外：
- 工具需要支持 AVX2 或 NEON 指令集的 CPU。
CLC Microbial Genomics 模块
CLC Microbial Genomics Module 的系统要求与 CLC Genomics Workbench 的系统要求相同，但以下情况除外：
- 使用 DIAMOND 和 ShortBRED 的工具需要支持 AVX2 或 NEON 指令集的 CPU。
MLST Scheme 工具的特殊要求
MLST Scheme 工具的系统要求取决于 MLST 方案的大小（等位基因的数量和序列类型的数量）。一台具有 16GB 内存的笔记本电脑通常足以用于基于适量分离株的 7 基因方案或 cgMLST 方案。键入或构建更大的方案可能需要更多内存，通常，我们建议在处理基于 100 多个隔离对象的 cg/wgMLST 方案时至少需要 64GB 的内存。
Taxonomic Profiler 的特殊要求
Taxonomic Profiler 的质量性能取决于所使用的参考数据库 - 数据库越完整，质量越好。但是，使用给定的数据库大小运行 Taxonomic Profiler 至少需要相同数量的内存。例如，使用 14 GB 数据库运行至少需要 16 GB RAM，使用 56 GB 数据库运行至少需要 64 GB RAM。使用 Download Microbial Reference Database 工具创建参考数据库时，您将收到一条警告，说明使用此数据库运行 Taxonomic Profiler 所需的内存要求。
De Novo Assemble 宏基因组的特殊要求
建议在运行 De Novo Assemble Metagenome 时至少拥有 16 GB RAM。
其他要求
PCoA 3D 查看器要求与上文 CLC Genomics Workbench 部分中描述的 3D 查看器要求相同。
Sunburst 查看器使用 JavaFX，可能无法在较旧的 Linux 内核上运行。JavaFX 的更新要求列表可以在 http://www.oracle.com/technetwork/java/javafx/downloads/supportedconfigurations-1506746.html 中找到。
第 22 节 ：
- Windows 7、Windows 8、Windows 10、Windows 11、Windows Server 2012、Windows Server 2016 和 Windows Server 2019
- Mac：macOS 10.15、macOS 11 到 macOS 12.01。支持配备 Apple M1 芯片的 Mac。该软件预计可以在比列出的版本更新的 macOS 版本上运行而不会出现问题，但我们不保证这一点。
- Linux：RHEL 7 及更高版本、SUSE Linux Enterprise Server 12 及更高版本。该软件有望在其他最新的 Linux 系统上运行而不会出现问题，但我们不保证这一点。要使用 BLAST 相关功能，需要 libnsl.so.1。
- 64 位作系统
- 需要 2 GB RAM
- 推荐 4 GB RAM
- 需要 1024 x 768 显示器
- 建议使用 1600 x 1200 显示器
- 需要 Intel 或 AMD CPU
3D Molecule Viewer 的特殊要求
- 必需：能够支持 OpenGL 2.0 的显卡。
- 必需：更新的图形驱动程序。请确保已安装显卡的最新驱动程序。
- 推荐：来自 Nvidia 或 AMD/ATI 的独立显卡。也可以使用现代集成显卡（例如 Intel HD Graphics 系列），但这些显卡通常比独立显卡慢。
- 注意：不支持间接渲染（例如通过 ssh 转发 x11）、远程桌面连接/VNC 以及在虚拟机中运行。
读取映射的特殊要求
下面的数字为运行制图和分析任务的系统提供了最小内存和建议内存。建议的要求基于基因组大小。
- 大肠杆菌 K12（4.6 兆碱基）
- 最低：2 GB RAM
- 推荐：4 GB RAM
- 秀丽隐杆线虫 （100 兆碱基） 和拟南芥 （120 兆碱基）
- 最低：2 GB RAM
- 推荐：4 GB RAM
- 斑马鱼（1.5 千兆碱基）
- 最低：2 GB RAM
- 推荐：4 GB RAM
- 人 （3.2 GB 碱基） 和小鼠 （2.7 GB 碱基）
- 最低：6 GB RAM
- 推荐：8 GB RAM
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